Aplinkos apsaugos departamentas patvirtino ilgalaikę įstaigos veiklos strategiją ir vertybes, kurios yra orientuotos į svarbiausią strategijos tikslą skatinti gyventojus ir įmones veikti išvien su gamta, siūlant pagalbą, telkiant bendrai veiklai, informuojant ir drausminant. Strategijoje suformuluoti organizacijos ir kultūros pokyčiai prioritetą skiria bendradarbiavimo stiprinimui, pagalbos teikimui Lietuvos gyventojams ir verslui kuriant švarią aplinką kiekvieną dieną ir ateityje. 

„Aplinkos apsaugos departamento veikla apima daugybę sričių, o mūsų pareigūnai nuolat susiduria su naujais iššūkiais ir sprendžia problemas. Todėl kiekvienam komandos nariui itin svarbu turėti tvirtą vertybinį pagrindą ir aiškų galutinio tikslo matymą. Departamentas parengė ilgalaikę strategiją paremtą vertybėmis, kuriomis aplinkosaugininkai vadovaujasi kasdien. Mūsų galutinis tikslas – švari aplinka ir gyvosios gamtos apsauga, todėl visos mūsų pastangos, veiksmai ir ištekliai turi būti nukreipti šiam tikslui pasiekti. Pagrindinė priemonė šiam tikslui įgyvendinti – skatinti įmones ir žmones veikti išvien su gamta – konsultuojant, informuojant, telkiant, tikrinant ir drausminant“, – teigia Aplinkos apsaugos departamento direktorius Giedrius Kadziauskas. 

Departamentas savo veiklą grindžia tokiomis vertybėmis: 

rūpinimasis aplinka, 
atsakingumas, 
pagarba sau, visuomenei ir gamtai, 
bendradarbiavimas.  

Organizacija siekia būti pavyzdžiu kitiems, drąsiai priimti pokyčius ir pripažinti klaidas, gerbti ir vertinti klientus bei kolegas, taip pat ieškoti partnerysčių sprendžiant aplinkosaugos problemas. 

Svarbu, kad kuriant strategiją dalyvavo departamento darbuotojai, buvo įvertintos organizacijos silpnybės, stiprybės, grėsmės ir galimybės. Ypatingas dėmesys buvo skirtas darbuotojų įsitraukimui į vertybių, tikslų ir svarbiausių darbų išsigryninimo procesą. Be to, į diskusijas dėl departamento veiklos krypčių buvo pakviesta aplinkosaugos politiką formuojanti Aplinkos ministerija,  kitos aplinkosaugos srityje veikiančios priežiūros institucijos ir nevyriausybinės organizacijos. Taip buvo pasirinktos keturios pagrindinės departamento strateginės kryptys – ilgalaikiai tikslai: 

Mažinti oro, vandens ir dirvožemio taršą bei saugoti gyvąją gamtą. 
Skatinti aplinkai saugų elgesį ir bendradarbiavimą aplinkos apsaugos naudai. 
Skaitmenizuoti veiklą, diegti inovatyvias technologijas ir sprendimus veiksmingesnei priežiūrai. 
Kurti stiprią organizaciją ir komandą. 

Departamento pagrindinio tikslo – skatinti veikti išvien su gamta (t. y. mažinant oro, vandens ir žemės taršą, saugant gyvąją gamtą) – pasiekimas yra neatsiejamas nuo produktyvaus bendradarbiavimo, stiprios organizacijos kūrimo ir veiklos procesų skaitmenizavimo.