Rudeninį šiltnamio paruošimą žiemojimui sudaro:

• paskutinių atiderėjusių augalų ir jų liekanų pašalinimas;

• dirvos dezinfekcija;

• šiltnamio vidaus ir inventoriaus dezinfekcija (sienų, karkasų, stelažų);

• vandentiekio vamzdžių dezinfekcija, patikrinimas, konservavimas;

• grunto keitimas kartą per 3-5 metus. 

Augalų liekanų pašalinimas iš šiltnamio

Atiderėjusius šiltnamio augalus, daržoves, vaisius po derliaus nuėmimo rudenį verta pašalinti iš dirvos su šaknimis. Augalų liekanose gali slėptis ir vystytis ligos ir kenkėjai - jiems tai puiki biologinė terpė. 

Šiltnamio dirvos dezinfekavimas

Šiltnamyje esanti žemė – kuo puikiausia vieta vystytis bakterijoms ir vabzdžiams-kenkėjams, nes joje nuolat šilta temperatūra, didelis drėgnumas, prailgintas vegetacijos periodas, o kartais nesilaikoma sėjomainos. Dezinfekuodami šiltnamio dirvą išnaikinate joje gyvenančius kenkėjus ir ligos sukėlėjus. Dezinfekavimui galima panaudoti ekologiškas liaudiškas priemonės (dirvos užšaldymą), naudingus augalus (ugniažole) arba tam skirtus tirpalus (kalio permanganatą, jodą) ir preparatus (varį, kalkes).

Džiovinta ugniažolė. Iš pradžių šiltnamio dirvą gausiai palaistome. Po to dirvą pabarstome visur smulkintomis sausomis ugniažolėmis. Iš viršaus galima užpilti puvenomis (2-3 kibirai 1 m²). 

Kalio permanganatas. Ši medžiaga naikina grybelinių ligų sukėlėjus, o dar sugeba suskaidyti kenksmingas chemines medžiagas ir pesticidus, jeigu dirvoje juntamas jų perteklius. Tuo pačių išvaloma šiltnamio žemė ir požeminiai vandenys. Ruošiamas tirpalas su 4 proc. kalio permanganato (chemikalų neutralizavimui). 

Biopreparatai. Dezinfekcijai stenkitės naudoti biologinius preparatus, jie ekologiški. O žemiau aprašyti cheminiai preparatai (chlorkalkės ir kt.), panaudojus ne pagal instrukciją, gali būti kenksmingi ir žmonėms, o ne tik parazitams ir infekcijų sukėlėjams. 

Chlorkalkės. Apdorojamas 20 cm dirvos sluoksnis, naudojant 200 g chlorkalkių 1 m² dirvos. 

Vario sulfatas, gesintos ir negesintos kalkės. Tai ganėtinai toksiški preparatai, todėl dirvos apdorojimą jais reikia vykdyti naktį, kai temperatūra šiltnamyje krenta. 

Šaldymas. Radikali, bet chemiškai nekenksminga priemonė. Perkastą, supurentą dirvą iš šiltnamio paliekame per visą žiemą atvirame šaltyje. 

Šiltnamio vidinių konstrukcijų dezinfekcija

Vidiniai šiltnamio sienų ir inventorių paviršiai – puiki vieta ligų, bakterijų, kenkėjų, parazitų žiemojimui. Paviršių dezinfekcija išnaikins juos iki pavasario. 

Chlorkalkės. Reikės pasigaminti chlorkalkių tirpalą (400 g : 10 litrų vandens). Atliekama drėgna dezinfekcija purškiant tirpalą. Tirpalo nuosėdomis galima apdoroti šiltnamio medines dalis: karkasus, rėmus, dėžes, lentynas, stelažus, staktas). 

40 % formalinas. Ruošiamas formalinas (formaldehido tirpalas) (250 cm³ : 10 l vandens). Toliau seka drėgnas valymas-dezinfekavimas, gausiai apipurškiant paviršius tirpalu. 

Šviežiai gesintos kalkės. Drėgnas valymas.

Šiltnamio vandentiekio vamzdžių ir kitų instaliacijų konservavimas

Vandentiekio vamzdžius ir elektros laidus iš išorės irgi reikia dezinfekuoti minėtomis priemonėmis. Ant visų paviršių gali kauptis bakterijos.

Žemės įšalo gylis vidutiniškai siekia 1-1,2 m. Šiltnamio laistymo sistemos vamzdžiai užkasami negiliai – 20-40 cm gylyje. To nepakanka, kad apsaugoti šiltnamio vamzdžius nuo šalčio. Iš jų geriausia išleisti visą likusį vandenį iki žiemos, kad per šalčius jis nevirstų ledu ir nesugadintų vamzdžių iš vidaus. 

Jeigu pagrindinis vandens šaltinis sodyboje yra centralizuotas vandentiekis, tuomet šiltnamio laistymo vandens padavimo kraną žiemai reikia išjungti, elektrą irgi.